Die Gesetzgebungsinitiative liegt bei der Kommission. Durch den Vertrag von Maastricht und dessen Änderung durch den Vertrag von Lissabon wurde dem Europäischen Parlament ein Initiativrecht für den Legislativbereich übertragen, das ihm die Möglichkeit gibt, die Kommission aufzufordern, ihm einen Vorschlag zu unterbreiten.
Gemäß dem Vertrag leitet die Kommission die jährliche und die mehrjährige Programmplanung der Union ein. Zu dieser Planung trägt die Kommission durch die Ausarbeitung ihres Arbeitsprogramms bei. Bereits die Ausarbeitung des Entwurfs des Arbeitsprogramms der Kommission erfolgt in enger Zusammenarbeit zwischen der Kommission und dem Europäischen Parlament, wobei die Kommission die durch das Europäische Parlament festgelegten Prioritäten in dieser Phase berücksichtigen muss. Nach der Verabschiedung des Arbeitsprogramms durch die Kommission findet zwischen dem Parlament, dem Rat und der Kommission ein Trilog mit dem Ziel statt, einen Konsens über das Programm der Union zu erreichen.
Nähere Einzelheiten und ein Zeitplan sind in Anlage XIV der Geschäftsordnung (Rahmenvereinbarung über die Beziehungen zwischen dem Europäischen Parlament und der Kommission) festgelegt.
Das Parlament verabschiedet eine Entschließung zur jährlichen Programmplanung. Der Präsident fordert den Rat auf, zum Arbeitsprogramm der Kommission und zu der Entschließung des Parlaments Stellung zu nehmen. Kann ein Organ den vorgegebenen Zeitplan nicht einhalten, muss es die übrigen Organe über die Gründe der Verzögerung unterrichten und einen neuen Zeitplan vorschlagen.
Das Parlament kann gemäß Artikel 225 AEUV mit der Mehrheit seiner Mitglieder auf der Grundlage eines Berichts eines Ausschusses die Kommission auffordern, ihm geeignete Legislativvorschläge zu unterbreiten. Das Parlament kann eine Frist für die Vorlage derartiger Vorschläge festlegen. Der zuständige Ausschuss des Parlaments muss zunächst die Genehmigung der Konferenz der Präsidenten beantragen. Die Kommission kann die Ausarbeitung eines vom Europäischen Parlament geforderten Legislativvorschlags entweder zusagen oder ablehnen.
Ein Vorschlag zu einem Rechtsakt der Union auf der Grundlage der in Artikel 225 AEUV vorgesehenen Initiative kann auch durch einen einzelnen Abgeordneten unterbreitet werden. Ein derartiger Vorschlag ist dem Präsidenten des Parlaments zu übermitteln; dieser leitet den Vorschlag an den für die Prüfung zuständigen Ausschuss weiter. Der Ausschuss entscheidet darüber, ob der Vorschlag dem Plenum vorgelegt wird (s. o.).
In dem Rahmen, in dem die Verträge dem Europäischen Parlament ein Initiativrecht zuweisen, können die Ausschüsse des Parlaments einen Bericht über einen in ihre jeweilige Zuständigkeit fallenden Gegenstand ausarbeiten und im Parlament einen entsprechenden Entschließungsantrag einbringen. Vor der Ausarbeitung eines Berichts müssen sie die Zustimmung der Konferenz der Präsidenten beantragen.