Het wetgevingsinitiatief ligt bij de Europese Commissie. Het Verdrag van Maastricht geeft het Europees Parlement het recht de Commissie te verzoeken om een wetgevingsvoorstel in te dienen. Dit recht is bij het Verdrag van Lissabon nog uitgebreid.
Volgens het Verdrag neemt de Commissie het initiatief tot de jaarlijkse en meerjarige programmering van de Unie. Met het oog daarop stelt zij een werkprogramma vast, als bijdrage tot de jaarlijkse en meerjarige programmering van de Unie. Het Parlement heeft een inbreng in het werkprogramma van de Commissie via de prioriteiten die het de Commissie voor de opstelling ervan in overweging geeft. Nadat de Commissie de programmering heeft opgesteld volgt driehoeksoverleg tussen Parlement, Raad en Commissie om tot overeenstemming te komen.
De precieze regels en het tijdschema zijn neergelegd in bijlage XIV bij het Reglement (Kaderakkoord over de betrekkingen tussen het Europees Parlement en de Commissie).
Het Parlement neemt een resolutie aan over het jaarlijkse programma. De voorzitter verzoekt de Raad zijn standpunt bekend te maken over het werkprogramma van de Commissie en de resolutie van het Parlement. Als een instelling zich niet aan het vastgestelde tijdschema kan houden, moet zij de andere instellingen mededelen wat daarvan de oorzaak is en een nieuwe tijdschema voorstellen.
Overeenkomstig artikel 225 VWEU kan het Europees Parlement bij meerderheid van stemmen van zijn leden de Commissie op basis van een door zijn bevoegde commissie opgesteld verslag verzoeken een wetgevingsvoorstel in te dienen. Het Parlement kan daarbij een termijn voor de indiening van het voorstel aangeven. De bevoegde commissie van het Parlement moet eerst toestemming vragen aan de Conferentie van voorzitters. De Commissie kan het door het Europees Parlement gevraagde wetgevingsvoorstel indienen dan wel weigeren dit te doen.
Een voorstel voor een besluit van de Unie uit hoofde van het initiatiefrecht van het Parlement in de zin van artikel 225 VWEU kan ook door een individueel lid van het Parlement worden ingediend. Het voorstel wordt ingediend bij de voorzitter, die het ter behandeling naar de bevoegde commissie verwijst. Deze kan besluiten het voorstel aan de plenaire vergadering voor te leggen (zie boven).
Als het Europees Parlement op grond van de verdragen een initiatiefrecht heeft, dan kunnen parlementaire commissies een verslag opstellen over een onderwerp dat onder hun bevoegdheid valt en kunnen zij het Europees Parlement een ontwerpresolutie ter zake voorleggen. De commissies moeten voordat zij met de opstelling van het verslag beginnen daarvoor de toestemming vragen van de Conferentie van voorzitters.