Parlament Europejski sprawuje kontrolę demokratyczną nad całością działalności wspólnotowej.
Procedury powoływania na stanowiska umożliwiają Parlamentowi pełnienie funkcji kontrolnej wobec niektórych instytucji europejskich.
Procedura mianowania przewodniczącego Komisji została zmieniona Traktatami z Amsterdamu, Nicei i Lizbony. Traktaty te umocniły rolę Parlamentu poprzez udzielenie mu prawa desygnowania w procedurze powoływania Komisji. Mianowanie przewodniczącego Komisji jest regulowane art. 17 ust. 7 TUE. Kandydat na przewodniczącego Komisji jest proponowany przez Radę Europejską, która stanowi kwalifikowaną większością głosów i musi uwzględniać wynik wyborów do Parlamentu Europejskiego. Kandydat ten jest następnie wybierany przez Parlament Europejski większością głosów.
Rada, stanowiąc kwalifikowaną większością głosów, sporządza listę pozostałych osób, które proponuje na stanowiska członków Komisji (w tym Wysokiego Przedstawiciela Unii do Spraw Zagranicznych i Polityki Bezpieczeństwa), w porozumieniu z przewodniczącym-elektem. Każdy kandydat na komisarza jest następnie wysłuchiwany przez właściwą komisję parlamentarną, po czy kolegium komisarzy jako całość podlega zatwierdzeniu przez głosowanie w Parlamencie Europejskim. Po zakończeniu tego procesu Rada Europejska powołuje Komisję jako całość, stanowiąc kwalifikowaną większością głosów.
Zgodnie z art. 17 ust. 8 TUE i art. 234 TFUE Parlament Europejski jest uprawniony do przyjęcia wotum nieufności wobec całej Komisji. Wotum nieufności umożliwia Parlamentowi sprawowanie kontroli demokratycznej nad Unią Europejską. Aby wotum nieufności było dopuszczalne, odpowiedni wniosek musi zostać złożony przez co najmniej jedną dziesiątą wszystkich posłów. Wotum nieufności musi być umotywowane.
W czasie pełnienia mandatu członków Komisji, Parlament ma prawo odwołania Komisji większością dwóch trzecich oddanych głosów i większością głosów jej członków.
Członkowie Trybunału Obrachunkowego są wybierani spośród osób, które wchodzą lub wchodziły w swych krajach w skład organów kontroli zewnętrznej lub mających szczególne kwalifikacje do zajmowania tego stanowiska.
Członkowie Trybunału Obrachunkowego są mianowani na okres sześciu miesięcy przez Radę Unii Europejskiej, stanowiącą większością kwalifikowaną po konsultacji z Parlamentem Europejskim.
Jeżeli Parlament wyda negatywną opinię w sprawie indywidualnej kandydatury, Przewodniczący Parlamentu Europejskiego wzywa Radę do jej wycofania i przedstawienia Parlamentowi nowej kandydatury.
Europejski Bank Centralny jest nadrzędnym organem decyzyjnym, który określa europejską politykę pieniężną i przede wszystkim ustala stopy procentowe.
W skład zarządu wchodzą przewodniczący, wiceprzewodniczący i 4 innych członków, mianowanych przez Radę Europejską stanowiącą kwalifikowaną większością głosów, wybranych spośród osób o uznanej pozycji i doświadczeniu zawodowym w sprawach walutowych lub bankowości. Ich mandat trwa osiem lat i nie jest przedłużany.
Członkowie zarządu są powoływani przez Radę Unii Europejskiej oraz po konsultacji z Parlamentem Europejskim i Radą Prezesów Europejskiego Banku Centralnego.
Stanowisko Rzecznika Praw Obywatelskich zostało wprowadzone Traktatem z Maastricht w celu zwiększenia demokracji i przejrzystości administracyjnej. Po każdych wyborach do Parlamentu Europejskiego Rzecznika Praw Obywatelskich wyznaczają posłowie do PE, w głosowaniu tajnym, większością oddanych głosów, na okres kadencji Parlamentu.
Rzecznik Praw Obywatelskich działa w sposób w pełni niezawisły i bezstronny. Podczas swojej kadencji nie może prowadzić żadnej innej zarobkowej lub niezarobkowej działalności zawodowej. Jego zadaniem jest badanie skarg składanych przez dowolnego obywatela Unii UE lub dowolną osobę fizyczną i prawną, mającą miejsce zamieszkania lub statutową siedzibę na terenie państwa członkowskiego UE, dotyczących niewłaściwego administrowania przez instytucje lub organy Unii.
Z inicjatywy Rzecznika Praw Obywatelskich Parlament Europejski przyjął Europejski Kodeks Postępowania Administracyjnego, który informuje obywateli o tym, czego mają prawo oczekiwać od administracji UE, oraz wskazuje urzędnikom, w jaki sposób mają postępować w kontaktach z obywatelami.
