Inicjatywa ustawodawcza należy do Komisji. Traktat z Maastricht, wzmocniony Traktatem z Lizbony, przyznał jednak Parlamentowi Europejskiemu prawo do inicjatywy ustawodawczej, które umożliwia mu zwrócenie się do Komisji o przedstawienie wniosku ustawodawczego.
Zgodnie z Traktatem Komisja inicjuje programowanie roczne i wieloletnie Unii. Aby zrealizować ten cel, Komisja przygotowuje program prac, stanowiący jej wkład w roczne i wieloletnie programowanie Unii. Parlament Europejski współpracuje z Komisją już w procesie przygotowywania programu prac Komisji, a Komisja uwzględnia priorytety deklarowane przez Parlament na tym etapie. Po jego przyjęciu przez Komisję przewidywane są rozmowy trójstronne między Parlamentem, Radą i Komisją w celu osiągnięcia porozumienia w sprawie programowania Unii.
Szczegółowe ustalenia, w tym harmonogram, określone są w załączniku XIV do Regulaminu PE ("Porozumienie ramowe w sprawie stosunków między Parlamentem Europejskim i Komisją Europejską").
Parlament przyjmuje rezolucję w sprawie programowania rocznego. Przewodniczący zwraca się do Rady o wydanie opinii w sprawie programu prac Komisji i w sprawie rezolucji Parlamentu. Jeśli jedna z instytucji nie jest w stanie dotrzymać przyjętego terminarza prac, informuje pozostałe instytucje o powodach opóźnienia oraz proponuje nowy kalendarz prac.
Zgodnie z art. 225 TFUE Parlament może, stanowiąc większością głosów, zwrócić się do Komisji na podstawie sprawozdania sporządzonego przez właściwą komisję, o przedłożenie wszelkich stosownych wniosków ustawodawczych. Parlament może jednocześnie ustalić termin przedłożenia takiego wniosku. Właściwa komisja parlamentarna musi wcześniej zwrócić się o zgodę do Konferencji Przewodniczących. Komisja może podjąć się albo odmówić przedstawienia postulowanego wniosku ustawodawczego.
Indywidualni posłowie do Parlamentu Europejskiego mogą także przedstawić wniosek dotyczący aktu prawnego Unii w ramach prawa Parlamentu do inicjatywy ustawodawczej zgodnie z art. 225 Traktatu o Funkcjonowaniu Unii Europejskiej. Taki wniosek przedkładany jest przewodniczącemu Parlamentu, który przekazuje go właściwej komisji do rozpatrzenia. Może zdecydować o przedłożeniu go zgromadzeniu plenarnemu (zob. wyżej).
W zakresie, w jakim traktaty przyznają prawo inicjatywy Parlamentowi Europejskiemu, komisje parlamentarne mogą przygotować sprawozdanie dotyczące kwestii należącej do ich kompetencji i przedstawić Parlamentowi projekt rezolucji w tej sprawie. Przed podjęciem wszelkich projektów sprawozdania, komisje muszą zwrócić się o zgodę do Konferencji Przewodniczących.
