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A iniciativa legislativa compete à Comissão. Porém, o Tratado de Maastricht - consagrado no Tratado de Lisboa - conferiu ao Parlamento Europeu um direito de iniciativa legislativa que lhe permite solicitar à Comissão que lhe apresente propostas.
Nos termos do Tratado, a Comissão dá início à programação anual e plurianual da UE. A fim de alcançar esse objectivo, a Comissão prepara o seu programa de trabalho, que constitui a sua contribuição para a programação anual e plurianual da UE. O Parlamento já coopera com a Comissão no processo de elaboração do programa de trabalho da Comissão e esta última tem em conta as prioridades manifestadas pelo Parlamento nesta fase. Na sequência da sua adopção pela Comissão está previsto um trílogo entre o Parlamento, o Conselho e a Comissão com vista a alcançar um acordo sobre a programação da UE.
As disposições pormenorizadas, incluindo um calendário, estão definidas no anexo XIV do Regimento (Acordo-quadro sobre as relações entre o Parlamento Europeu e a Comissão Europeia).
O Parlamento aprova uma resolução sobre a programação anual. O Presidente solicita ao Conselho que emita um parecer sobre o programa de trabalho da Comissão e sobre a resolução do Parlamento. Se uma instituição for incapaz de cumprir o calendário definido, tem de notificar as outras instituições acerca dos motivos para o atraso e propor um novo calendário.
O Parlamento pode, deliberando por maioria dos membros que o compõem, e nos termos do segundo parágrafo do artigo 225.º do TFUE, solicitar à Comissão, com base num relatório elaborado pela comissão parlamentar competente, que submeta à sua apreciação todas as propostas legislativas adequadas. O Parlamento pode, ao mesmo tempo, definir um calendário para a apresentação desta proposta. A comissão parlamentar competente deve solicitar previamente a autorização da Conferência dos Presidentes. A Comissão tanto pode comprometer-se como recusar-se a elaborar uma proposta legislativa solicitada pelo Parlamento Europeu.
Uma proposta de acto da União com base no direito de iniciativa conferido ao Parlamento nos termos do artigo 225.º do TFUE também pode ser apresentada por um deputado individual do PE. Essa proposta será apresentada ao Presidente do PE, que a transmite à comissão competente para exame. Ela pode decidir apresentá-la à sessão plenária (vide acima).
No âmbito do direito de iniciativa conferido pelos Tratados ao Parlamento Europeu, as comissões parlamentares podem elaborar um relatório e submeter ao Parlamento uma proposta de resolução sobre matéria que se enquadre no âmbito da sua competência. Para esse efeito, terão de solicitar previamente a autorização da Conferência dos Presidentes.