Legislatívna iniciatíva prislúcha Komisii. Maastrichtská zmluva však priznala Európskemu parlamentu právo legislatívnej iniciatívy, posilnené Lisabonskou zmluvou, ktoré mu umožňuje požiadať Komisiu o predloženie návrhu.
V súlade so zmluvou Komisia iniciuje ročné a viacročné plánovanie Únie. S cieľom dosiahnuť tento cieľ Komisia pripraví svoj pracovný program, ktorý predstavuje jej príspevok k ročnému a viacročnému plánovaniu Únie. Európsky parlament spolupracuje s Komisiou na vypracúvaní jej pracovného programu a Komisia zohľadní priority, ktoré Parlament vyjadril v tomto štádiu. Po prijatí pozície Komisie sa naplánuje trialóg medzi Parlamentom, Radou a Komisiou v záujme dosiahnutia dohody o plánovaní Únie.
Podrobné opatrenia vrátane časového rozvrhu sú stanovené v prílohe XIV rokovacieho poriadku (Rámcová dohoda o vzťahoch medzi Európskym parlamentom a Európskou komisiou).
Parlament prijíma uznesenie o ročnom plánovaní. Predseda požiada Radu o stanovisko k pracovnému plánu Komisie, ako aj k uzneseniu Parlamentu. Ak niektorá inštitúcia nie je schopná dodržať stanovený časový rozvrh, oznámi ostatným inštitúciám dôvod omeškania a navrhne nový časový rozvrh.
Na základe správy pripravenej jeho príslušným výborom môže Parlament rozhodnutím väčšiny svojich členov v súlade s článkom 225 ods. 2 ZFEÚ požiadať Komisiu o predloženie vhodného legislatívneho návrhu. Parlament môže zároveň stanoviť konečný termín na predloženie takéhoto návrhu. Gestorský výbor Parlamentu musí najprv požiadať o povolenie Konferenciu predsedov. Komisia sa môže súhlasiť alebo nesúhlasiť s predložením požadovaného návrhu.
Návrh aktu Únie na základe práva na iniciatívu, ktoré Parlamentu udeľuje článok 225 Zmluvy o fungovaní Európskej únie, môže predložiť jednotlivo aj poslanec Európskeho parlamentu. Takýto návrh sa predloží predsedovi Parlamentu, ktorý ho postúpi gestorskému výboru na prerokovanie. Môže rozhodnúť o predložení návrh v pléne (pozri vyššie).
V rozsahu, v akom zmluvy priznávajú Európskemu parlamentu právo iniciatívy, môžu parlamentné výbory pripraviť správu o veci týkajúcej sa jeho kompetencií a v tejto veci predložiť Parlamentu návrh uznesenia. Pred akýmkoľvek návrhom správy si musia vyžiadať súhlas konferencie predsedov.