Euroopan parlamentti on pitänyt yllä läheisiä suhteita yleisafrikkalaiseen parlamenttiin (PAP) siitä lähtien, kun kyseinen parlamentti vuonna 2004 perustettiin. Euroopan parlamentti perusti ensimmäisen tilapäisen valtuuskunnan yleisafrikkalaista parlamenttia varten vuonna 2006. Seitsemännen vaalikautensa alkaessa Euroopan parlamentti päätti perustaa parlamenttien välisistä suhteista vastaavan pysyvän valtuuskunnan.
Parlamentit vastaavat yhdessä vuonna 2007 Lissabonissa hyväksytyn yhteisen Afrikka-EU‑strategian täytäntöönpanon seurannasta. Strategian avulla pyritään syventämään Afrikan ja EU:n välisiä suhteita ja vastaamaan maailmanlaajuisiin haasteisiin yhdessä. Euroopan parlamentti ja yleisafrikkalainen parlamentti järjestivät parlamentaarisen kokouksen Lissabonissa joulukuussa 2007 päivää ennen EU:n ja Afrikan välistä huippukokousta ja parlamenttien puhemiehiä pyydettiin pitämään puhe valtioiden ja hallitusten päämiehille. Valtuuskunnat ovat tavanneet toisiaan säännöllisesti Brysselissä ja Strasbourgissa sekä yleisafrikkalaisen parlamentin toimipaikassa Midrandissa Etelä-Afrikassa.
