Avec un budget de 282 millions d'euros (en hausse de 13 % par rapport à 2013) et un effectif de 580 personnes, l'EMA a vocation à délivrer des autorisations de mise sur le marché de médicaments spécifiques : anticancéreux, antirétroviraux, etc.
Son indépendance est sujette à caution. En effet, seuls 12 % de son budget proviennent du budget européen. Le reste provient de financements privés.
La Cour des comptes souligne, en outre, de nombreuses insuffisances en matière de paiements et de contrôle de gestion.
Un dossier de conflit d'intérêts concernant le Professeur Nistico est en cours. Ce dernier a représenté le Parlement au sein de l'EMA pendant trois mandats. Dans le même temps, il travaillait pour deux sociétés pharmaceutiques.