La procédure budgétaire annuelle établie par le traité de Lisbonne est fixée à l'article 314 du traité sur le fonctionnement de l'Union européenne.
Selon cette procédure, toutes les institutions de l'UE établissent leurs états prévisionnels pour le projet de budget, conformément à leurs procédures internes, avant le 1er juillet de chaque année. La Commission groupe ces états et établit le projet de budget annuel, qui est présenté au Parlement et au Conseil au plus tard le 1er septembre.
Le Conseil adopte sa position sur le projet de budget et la transmet au Parlement avant le 1er octobre. Le Conseil informe le Parlement des raisons qui l'ont conduit à adopter sa position.
Le Parlement a 42 jours pour soit approuver la position du Conseil, soit, à la majorité des membres qui le composent, amender cette position. Le vote en plénière a lieu lors de la période de session d'octobre II à Strasbourg.
Si le Parlement a adopté des amendements, le texte amendé est transmis au Conseil et le président du Parlement, en accord avec le président du Conseil, convoque sans délai le comité de conciliation. Le comité ne se réunit pas si le Conseil informe le Parlement dans les dix jours qu'il approuve tous ses amendements.
Le comité de conciliation, composé de membres du Conseil ou de leurs représentants et d'autant de membres représentant le Parlement, a 21 jours pour aboutir à un accord sur un projet commun.
Si le comité de conciliation parvient à un accord sur un projet commun, ce projet est soumis au Parlement et au Conseil pour approbation dans les 14 jours. Le vote en plénière sur le projet commun a lieu lors de la période de session de novembre II à Strasbourg.
Lorsque la procédure est achevée, le président du Parlement constate que le budget est définitivement adopté.
Si la procédure de conciliation n'aboutit pas, ou si le projet commun est rejeté par le Parlement, la Commission soumet un nouveau projet de budget. Si le projet commun est rejeté par le Conseil tandis que le Parlement l'approuve, le Parlement peut décider de confirmer l'ensemble ou une partie des amendements qu'il a adoptés lors de la plénière d'octobre. Si un amendement n'est pas confirmé, la position agréée au sein du comité de conciliation est conservée et le budget est réputé adopté sur cette base.