Il tempo riservato alle interrogazioni alla Commissione può svolgersi in ciascuna tornata per una durata massima di 90 minuti su una o più tematiche orizzontali specifiche stabilite dalla Conferenza dei presidenti un mese prima della tornata.
Il formato è concepito come segue:
- il tempo delle interrogazioni è dedicato a una tematica orizzontale specifica e prevede esclusivamente la procedura "catch-the-eye", in cui le interrogazioni dei deputati si alternano alle risposte dei commissari (i deputati hanno un minuto di tempo per formulare l'interrogazione e il commissario dispone di due minuti per rispondere);
- sono invitati per il tempo delle interrogazioni i commissari responsabili dei portafogli inerenti alla tematica scelta. Il numero dei commissari è limitato a due per tornata (al massimo tre, a seconda degli argomenti scelti).