Conformément à l'article 14 de l'Action commune 2008/851/PESC du Conseil du 10 novembre 2008, le montant de référence financière pour les coûts communs de l'opération militaire de l'UE s'élève à 8,3 millions d'euros. Les 26 États membres participant à l´opération contribuent à hauteur de leur produit national brut respectif. Les coûts liés au déploiement des moyens restent à charge des États  membres.

L'opération Atalanta continue de contribuer avec succès à assurer la sécurité maritime au large des côtes de la Somalie en protégeant les navires affrétés par le PAM qui acheminent l'aide destinée à la Somalie, les navires transportant des cargaisons essentielles pour l'opération de soutien de la paix menée par l'Union africaine en Somalie (Amisom) et d'autres navires vulnérables, notamment dans le golfe d'Aden et le bassin somalien. À cet égard, dans ses conclusions du 17 novembre 2009, le Conseil s'est félicité que des moyens maritimes aient été fournis en suffisance jusqu'à présent et notamment que le nombre d'avions de patrouille maritime mis à disposition ait augmenté et a insisté sur la nécessité de poursuivre les efforts. Il a en outre salué le fait que les pays tiers étaient de plus en plus nombreux à participer à l'opération.

Le Conseil considère que la piraterie continuera probablement de constituer une menace sérieuse. Dans ce contexte, le Conseil a décidé, en juin 2009, de prolonger l'opération Atalanta d'une année supplémentaire au terme du mandat actuel, qui expire le 12 décembre 2009.

La décision d'embarquer des militaires sur des navires de pêche demeure une décision nationale sur laquelle le Conseil n'a pas à se prononcer. Les coûts liés à ces mesures sont des coûts nationaux qui n'ont pas été communiqués au Conseil.