Les produits originaires des colonies de peuplement font l'objet d'une politique constante de la part de la Commission européenne depuis 2005, ainsi que de ses services et du Service européen pour l'action extérieure (SEAE) depuis le 1er janvier 2011. Cette politique a été entérinée en février 2010 par l'arrêt rendu par la Cour de justice de l'UE dans l'affaire Brita. Elle vise à garantir que les produits originaires des colonies de peuplement israéliennes implantées dans les territoires occupés ne bénéficient pas du régime commercial préférentiel prévu par l'accord d'association UE-Israël. Selon un arrangement technique adopté par le comité de coopération douanière UE-Israël, le nom et le code postal de la ville, du village ou de la zone industrielle où les biens ont été produits doivent figurer sur toutes les preuves de l'origine préférentielle délivrées ou établies en Israël pour les exportations vers l'UE. L'arrangement technique est appliqué sur le terrain par les autorités douanières des États membres de l'UE. Celles‑ci sont chargées de contrôler les preuves de l'origine susmentionnées aux fins de l'application des régimes tarifaires préférentiels aux seuls biens importés originaires de l'État d'Israël dans ses frontières reconnues au niveau international. Au cours de la période 2007-2009, la Commission européenne a réalisé trois exercices de surveillance ad hoc afin de vérifier le bon fonctionnement de cet arrangement, sur la base des informations collectées par les autorités douanières des États membres. Ces exercices ont montré que l'arrangement technique semble donner satisfaction.

La Commission européenne a pris note de l'appel lancé le 10 décembre 2006 par 26 personnalités européennes concernant l'implantation des colonies de peuplement. Cette question demeure particulièrement préoccupante. La haute représentante/vice-présidente a toujours souligné la position de l'UE à l'égard des colonies de peuplement israéliennes implantées dans les territoires occupés, considérées comme illégales au regard du droit international et préjudiciables en termes de confiance entre les parties et comme faisant obstacle à la paix. L'UE a par conséquent appelé Israël à maintes reprises à mettre un terme à toutes les activités de colonisation, y compris à la croissance naturelle des colonies.