La Comisión es consciente de que la experiencia de los Estados miembros y la industria con el sistema de autorización por zonas (incluyendo el reconocimiento mutuo) varía. Dado que la Comisión está consagrada al principio de evaluación zonal y reconocimiento mutuo y está dispuesta a mejorar su funcionamiento, ha organizado recientemente un taller para evaluar el funcionamiento del reconocimiento mutuo y la división de la Unión Europea en tres zonas.

La Comisión lleva a cabo auditorías generales y específicas regulares en los Estados miembros para verificar si estos cumplen la legislación.

Estas auditorías son llevadas a cabo por la Oficina Alimentaria y Veterinaria (OAV) de la Comisión en el marco de un programa plurianual. Recientemente, la OAV ha enviado un cuestionario a todos los Estados miembros, incluida España, con el fin de recibir información detallada sobre el cumplimiento de los plazos legales para el reconocimiento mutuo. Asimismo, la OAV ha previsto una serie de auditorías a este respecto para 2016; los informes se publicarán en el sitio web de la OAV cuando estén terminados.