La Conférence des Présidents se réunit chaque année sur l'initiative de l’un de ses membres et c’est le parlement hôte chargé d’organiser la réunion qui occupe la présidence de la Conférence. La Conférence se compose des présidents des parlements nationaux des États membres de l’Union et du Parlement européen. Ils ont tous un statut de participant équivalent. Ils poursuivent divers mandats suivant les Constitutions de leurs pays ou, dans le cas du président du Parlement européen, suivant les traités consolidés.
Il convient de respecter ces différences. Les réunions de la Conférence sont fondées sur le consensus. La Conférence respecte l’autonomie et les positions constitutionnelles des parlements et de leurs présidents. Les présidents des parlements des pays candidats sont invités à y prendre part en leur qualité d’observateurs.
La Conférence organisée à Rome en septembre 2000 a adopté une série de lignes directrices (règles) concernant les procédures de la Conférence sur la base des critères établis par la Conférence précédente de Lisbonne. Ces lignes directrices définissent les missions et les objectifs de la Conférence, ainsi que les principaux aspects de ses procédures de travail, sans pour autant édicter des règles inflexibles et détaillées.
En guise de préparatif à la Conférence, les secrétaires généraux des parlements des États membres se réunissent généralement sans les présidents d’assemblée quelques mois avant la Conférence.