Los diputados están distribuidos entre veinte comisiones permanentes especializadas.
Las comisiones desarrollan las propuestas legislativas aprobando informes, presentando enmiendas para su consideración en el Pleno y designando a un equipo negociador para mantener negociaciones con el Consejo sobre legislación de la UE. Asimismo, aprueban informes de propia iniciativa, organizan audiencias con expertos y examinan la actuación de otros órganos e instituciones de la UE.
Una comisión está compuesta por entre 25 y 81 miembros titulares y un número equivalente de suplentes.
Cada comisión elige a un presidente y hasta cuatro vicepresidentes entre sus miembros titulares, que componen la «mesa de la comisión», por un mandato de dos años y medio. La composición política de las comisiones refleja la del Pleno.
El Parlamento también puede constituir subcomisiones y comisiones temporales especiales para tratar cuestiones específicas y tiene la facultad de crear comisiones de investigación para examinar los presuntos casos de infracción o de mala administración en la aplicación del Derecho de la Unión.
En la fase de conciliación se crea un comité de conciliación específico.
Las comisiones parlamentarias suelen reunirse en Bruselas y cuentan con la asistencia de una secretaría para llevar a cabo su trabajo. Sus debates son públicos y, en principio, se retransmiten en línea.
Los presidentes de comisión coordinan el trabajo de las comisiones en la Conferencia de Presidentes de Comisión.