Zastupnici su raspoređeni u 20 specijaliziranih stalnih odbora.
Ti odbori izrađuju zakonodavne prijedloge usvajanjem izvješća, predlažu amandmane za plenarnu sjednicu i imenuju pregovarački tim za vođenje pregovora s Vijećem o zakonodavstvu EU-a. Također donose izvješća o vlastitoj inicijativi, organiziraju saslušanja sa stručnjacima i nadziru ostala tijela i institucije EU-a.
Odbor čini između 25 i 81 punopravnih članova i isto toliko zamjenika.
Punopravni članovi odbora iz svojih redova biraju predsjednika i najviše četiri potpredsjednika, koji zajedno čine „predsjedništvo odbora", na mandat od dvije i pol godine. Politički sastav odbora odražava politički sastav plenarne skupštine.
Parlament također može osnivati pododbore i posebne privremene odbore za određena pitanja, a ovlašten je i za osnivanje istražnih odbora radi istraživanja navodnih kršenja ili nepravilnosti u provedbi prava Unije.
U fazi mirenja osniva se poseban odbor za mirenje.
Parlamentarni odbori obično se sastaju u Bruxellesu, a u radu ih podupire tajništvo. Njihove su rasprave otvorene za javnost i u pravilu se prenose na internetu.
Predsjednici odbora koordiniraju rad odbora u sklopu Konferencije predsjednika odbora.