Parlamendiliikmed on jagunenud 20 valdkondlikku alalisse komisjoni.
Komisjonid menetlevad seadusandlikke ettepanekuid raportite vastuvõtmise teel, esitavad muudatusettepanekuid täiskogule ja nimetavad läbirääkimisrühma, kelle ülesanne on pidada nõukoguga läbirääkimisi ELi õigusaktide üle. Komisjonid võtavad vastu ka algatusraporteid, korraldavad ekspertide kuulamisi ning teostavad kontrolli muude ELi organite ja institutsioonide üle.
Ühte komisjoni kuulub 25-81 täisliiget ja sama palju asendusliikmeid.
Iga komisjon valib oma täisliikmete hulgast esimehe ja kuni neli aseesimeest, kes koos moodustavad komisjoni juhatuse ja kelle ametiaeg on kaks ja pool aastat. Poliitiliste vaadete esindatus komisjonides vastab täiskogu omale.
Parlament võib eriküsimustega tegelemiseks moodustada ka allkomisjone ja ajutisi erikomisjone ning tal on õigus luua uurimiskomisjone, et uurida väidetavaid rikkumisi või haldusomavoli ELi õiguse kohaldamisel.
Lepitusetapil moodustatakse spetsiaalne lepituskomitee.
Parlamendikomisjonid tulevad tavaliselt kokku Brüsselis ja nende töös abistab neid sekretariaat. Komisjonide arutelud on avalikud ja nendest tehakse üldjuhul veebiülekanne.
Komisjonide tööd koordineerivad komisjonide esimehed komisjonide esimeeste konverentsil.