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Os deputados estão repartidos por 20 comissões permanentes especializadas.

Estas comissões dão seguimento às propostas legislativas, aprovando relatórios, propondo alterações para apreciação em sessão plenária e designando equipas para conduzir negociações com o Conselho sobre a legislação da UE. Além disso, aprovam relatórios de iniciativa, organizam audições com peritos e examinam a atuação de outros órgãos e instituições da UE.

Uma comissão é composta por 25 a 73 membros titulares e um número equivalente de membros suplentes.

Cada comissão elege um presidente e, no máximo, quatro vice-presidentes de entre os seus membros titulares, que constituem a «Mesa da comissão», para um mandato de dois anos e meio. A composição política das comissões reflete a da assembleia plenária.

O Parlamento pode igualmente constituir subcomissões e comissões temporárias especiais para abordar questões específicas e dispõe de competências para constituir comissões de inquérito para analisar alegações de infração ou de má administração na aplicação do direito da União.

Na fase de conciliação, é constituído um comité de conciliação.

As comissões parlamentares reúnem normalmente em Bruxelas e contam com o apoio de um secretariado para levar a cabo o seu trabalho. Os seus debates são públicos e, em princípio, transmitidos via Internet.

Os presidentes das comissões coordenam o trabalho destes órgãos na Conferência dos Presidentes das Comissões.

O Parlamento pode, em qualquer momento, constituir comissões temporárias para examinar questões específicas. A duração do mandato das comissões especiais é de 12 meses e pode ser prorrogado.

O Parlamento pode igualmente constituir comissões de inquérito para analisar violações do direito da União ou alegações de má administração na sua aplicação.

As competências destas comissões baseiam-se nas disposições relativas às formas de exercício do direito de inquérito do Parlamento Europeu.

A conciliação é a terceira e última fase do processo legislativo ordinário (também denominado «codecisão»). O processo de conciliação é iniciado se o Conselho não adotar todas as alterações aprovadas pelo Parlamento em segunda leitura.

O Comité de Conciliação é constituído por duas delegações: a delegação do Conselho, composta por um representante de cada Estado-Membro (ministros ou seus representantes), e a delegação do Parlamento, composta por igual número de deputados. O Comité de Conciliação é responsável pela elaboração de um «projeto comum», que, em seguida, deve ser aprovado tanto pelo Parlamento como pelo Conselho.

A Conferência dos Presidentes das Comissões (CPC) é o organismo político que coordena as atividades das comissões e assegura uma boa cooperação entre elas. É composta pelos presidentes de todas as comissões permanentes ou especiais e reúne-se nas terças-feiras dos períodos de sessões em Estrasburgo. O presidente é eleito de entre os seus membros para um mandato de dois anos e meio.

A CPC apresenta à Conferência dos Presidentes uma recomendação mensal relativa ao projeto de ordem do dia para o próximo período de sessões, juntamente com uma avaliação mensal relativa à compatibilidade dos projetos de legislação com as regras do Tratado em matéria de atos delegados e de execução.

A CPC funciona como um fórum para debater questões horizontais e problemas comuns com que as comissões se deparam e contribui ativamente para o intercâmbio de boas práticas, especificamente através da adoção de abordagens ou diretrizes comuns no atinente às atividades das comissões. A CPC pode apresentar recomendações à Conferência dos Presidentes sobre as atividades das comissões. A CPC atua igualmente como mediador entre as comissões parlamentares, trata dos pedidos de cooperação e propõe soluções para conflitos de competência.

A CPC prepara o contributo do Parlamento para o programa de trabalho anual da Comissão, elencando as prioridades em cada domínio legislativo. Além disso, realiza uma reunião conjunta anual com o Colégio de Comissários e reúne-se várias vezes por ano com a Presidência do Conselho, a fim de preparar e debater as respetivas prioridades e fazer um ponto da situação sobre o trabalho em curso.