Os deputados estão repartidos por 20 comissões permanentes especializadas.
Estas comissões dão seguimento às propostas legislativas, aprovando relatórios, propondo alterações para apreciação em sessão plenária e designando equipas para conduzir negociações com o Conselho sobre a legislação da UE. Além disso, aprovam relatórios de iniciativa, organizam audições com peritos e examinam a atuação de outros órgãos e instituições da UE.
Uma comissão é composta por 25 a 73 membros titulares e um número equivalente de membros suplentes.
Cada comissão elege um presidente e, no máximo, quatro vice-presidentes de entre os seus membros titulares, que constituem a «Mesa da comissão», para um mandato de dois anos e meio. A composição política das comissões reflete a da assembleia plenária.
O Parlamento pode igualmente constituir subcomissões e comissões temporárias especiais para abordar questões específicas e dispõe de competências para constituir comissões de inquérito para analisar alegações de infração ou de má administração na aplicação do direito da União.
Na fase de conciliação, é constituído um comité de conciliação.
As comissões parlamentares reúnem normalmente em Bruxelas e contam com o apoio de um secretariado para levar a cabo o seu trabalho. Os seus debates são públicos e, em princípio, transmitidos via Internet.
Os presidentes das comissões coordenam o trabalho destes órgãos na Conferência dos Presidentes das Comissões.