De leden zijn onderverdeeld in twintig gespecialiseerde vaste commissies.
Deze commissies geven wetgevingsvoorstellen vorm door verslagen goed te keuren, amendementen ter behandeling in de plenaire vergadering in te dienen en een onderhandelingsteam aan te wijzen om onderhandelingen over EU-wetgeving te voeren met de Raad. Zij keuren ook initiatiefverslagen goed, organiseren hoorzittingen met deskundigen en controleren de andere EU-instellingen en -organen.
Een commissie bestaat uit 25 tot 73 gewone leden en eenzelfde aantal plaatsvervangers.
Elke commissie verkiest onder haar gewone leden een voorzitter en maximaal vier ondervoorzitters, die samen het "commissiebureau" vormen, voor een ambtsperiode van tweeënhalf jaar. De politieke samenstelling van de commissies is dezelfde als die van de plenaire vergadering.
Het Parlement kan ook subcommissies en bijzondere tijdelijke commissies voor de behandeling van specifieke kwesties oprichten en heeft het recht enquêtecommissies in te stellen om vermeende inbreuken op of gevallen van wanbeheer bij de toepassing van het recht van de Unie te onderzoeken.
In de bemiddelingsfase wordt er een specifiek bemiddelingscomité samengesteld.
De parlementaire commissies komen normaliter in Brussel bijeen en krijgen bij hun werkzaamheden ondersteuning van een secretariaat. Hun besprekingen zijn openbaar en worden in principe live op internet uitgezonden.
De commissievoorzitters coördineren de werkzaamheden van de commissies in de Conferentie van commissievoorzitters.