Deputātu darbs notiek 20 specializētās pastāvīgās komitejās.
Šīs komitejas izvērtē tiesību aktu priekšlikumus, pieņemot ziņojumus, iesniedz grozījumus izskatīšanai plenārsēdē un apstiprina sarunu grupu, kas vadīs sarunas ar Padomi par EStiesību aktiem. Komitejas pieņem arī patstāvīgos ziņojumus, organizē ekspertu uzklausīšanas un uzrauga citu ES struktūru un iestāžu darbību.
Katrā komitejā ir 25 līdz 73 pilntiesīgs loceklis un tikpat daudz aizstājēju.
Katra komiteja no sava pilntiesīgo locekļu vidus ievēlē priekšsēdētāju un ne vairāk kā četrus priekšsēdētāja vietniekus, kas visi kopā veido komitejas prezidiju, kura pilnvaru termiņš ir divarpus gadi. Komiteju politiskais sastāvs atspoguļojas Parlamenta sasaukumā.
Parlaments var veidot arī apakškomitejas un īpašas pagaidu komitejas, lai risinātu specifiskus jautājumus, un tam ir pilnvaras izveidot izmeklēšanas komitejas, lai izmeklētu iespējamus pārkāpumus vai administratīvas kļūmes, kas pieļautas, īstenojot ES tiesību aktus.
Samierināšanas procedūras piemērošanas gadījumā tiek izveidota īpaša Samierināšanas komiteja.
Parasti Parlamenta komiteju sanāksmes notiek Briselē, un komitejām palīdz sekretariāts. Komiteju debates ir atklātas, un parasti tās tiek straumētas tīmeklī.
Komiteju priekšsēdētāji komiteju darbu koordinē Komiteju priekšsēdētāju konferencē.